二十世紀末期最後十年的台灣民主改革，使民眾自由意志得到最大的發揮。然而，伴隨民主化過程所呈現者，卻是政治亂象與社會失序，使支持民主改革的人，對政治產生新的疏離感。半世紀以來首次的政黨輪替，卻逢上世界經濟景氣轉變，又面臨中國大陸蓄積的經濟發展能量持續加強，使台灣社會對於未來呈現深度的焦慮與不確定感。2008年再度政黨輪替，2012年馬英九總統連任，第二任執政至今一年多，整體施政與社會期望的落差甚大，經濟發展遲滯的情況始終難以改善，社會興起一股新的公民運動。2008政黨再度輪替至今，衛生署長已四度更迭，2013年初二代健保上路，七月下旬衛生福利部正式掛牌運作。
1995年三月一日實施的全民健康保險，醫療制度與資源在健保體制下持續面臨壓縮與調整，臺灣的醫療執業已幾乎完全是健保取向，醫界在健保的局面下，專業的危機感更深，但也缺乏自省與遠景。政府當局財務捉襟見肘的窘境，醫界也是哀嚎遍野，台灣社會與醫療界瀰漫著不滿與看不到明天願景的焦慮。
衛生醫療或健保資源分配之角力，難脫政治社會層面與醫師專業優勢之影響，但是在健保體制下，醫師的專業優勢陸續降低，另一方面，台灣進入老年化的社會，加上基因科技的興起，使二十一世紀的衛生醫療，面臨一個前所未見的挑戰。醫療政治學之課程設計即是探討政治與公共衛生各領域之互動及其影響。
本課程主要內容分為四個主題：
一、台灣政治發展的宏觀面與醫療政治的微觀面
二、衛生政策與醫療資源分配的政治面
三、生技製藥產業與兩岸醫藥合作的政治議題
四、國際衛生與本土衛生之政治議題。
課程進度包括：領導風格與衛生政策；健康照護權利與醫療資源分配之政治考量；醫師專業優勢、醫療專業、利益團體與政治勢力之互動；菸草產業的政治影響力與菸害防治；基因科技的議題；生技製藥智慧財產權與醫藥品的可近性；醫療執業之倫理與政治涵意；藥物食品安全與管制的政治議題；人權、經濟發展、醫療與製藥產業結構；國際衛生與本土衛生之政治課題。